Ciao Davide,
durante l'esportazione dei dati verso Rhino, non compare nessuna maschera che permette di gestire le opzioni di esportazione. Se alcuni oggetti risultano bloccati, ti consiglio di controllare che i quadri ed i layer non siano già bloccati o resi "passivi" e quindi non editabili.
Per quanto riguarda l'errore in esportazione, prova a modificare il percorso di salvataggio del file in quanto se il percorso risulta troppo lungo si possono generare degli errori.

Personalmente non ho mai utilizzato Rhino quindi non saprei dirti perchè alcune operazioni boleane non vengono eseguite.
Tuttavia solitamente le operazioni boleane non vengono eseguite se gli oggetti non sono a tutti gli effetti dei solidi 3D. Immagino che il tuo modello 3D sia stato costituito con pareti, pilastri solai ecc... e non veri corpi di modellazione di Allplan quindi è possibile che in Rhino l'oggetto "parete" non sia un solido "pieno" ma un insieme di superfici.