Se devi realizzare un edificio a piani sfalsati possono esserci vari modi di operare.
Se lo vuoi fare con la struttura opera secondo me ti conviene separare i "mezzi piani" su quadri differenti ed utilizzare 2 modelli separati nel manager dei livelli, come se stessi per realizzare 2 edifici affiancati ma con altezze differenti.

Per quanto riguarda la fondazione credo tu debba sagomarla, se puoi allegare un'immagine di come dovrebbe essere vedo se posso aiutarti in qualche modo.