Wände auf gleichem TB schneiden sich aus, wenn Wechselwirkungen "dynamisch" angeschaltet sind. Diese dynamischen Wechselwirkungen braucht man aber, damit bei Eckverschneidungen die durchlaufenden Wandlinien im Plot nicht dargestellt werden (am Bildschirm ist das eine gestrichelte Linie) und vor allem, damit Öffnungen in den Bauteilen auch wirklich dargestellt werden, die Öffnungen also mit den Bautelen "wechselwirken".
Wenn Du die beiden Wände auf verschiedene Layer legst und dann -mit mindestens bei einem Bauteil auf "sichtbar, gesperrt" geschaltetem Layer- die Wände aufeinander legst (durch einkopieren, wie Du das gemacht hast, oder durch bewegen des nicht gesperrten Bauteiles), geschieht zunächst gar nichts.
Daran ändert sich auch nichts, wenn Du danach wieder beide Layer auf "bearbeitbar" stellst.
Scheinbar.
Denn in dem Augenblick, wenn Du eine der beiden Wände anpackst, um etwas zu ändern, ist die ungewünschte Ausstanzung wieder da.
Eine Zeitbombe, die da tickt ...

Man könnte zwar das Verschneiden in diesem Fall durch abwählen der Option "Extras/Optionen/Bauteile/Architekturelemente verschneiden - trotz unterschiedlicher Höhenbezüge unten" verhindern, aber das würde sich auch auswirken auf gewünschte Verschneidungen, beispielsweise auf Wände auf Fundamentabtreppungen mit unterschiedlichen Höhen unten, die dann als Einzelbauteile dargestellt werden.
Auf unterschiedliche Höhen oben -bei gleicher Unterkante- wirkt sich die Einstellung übrigens nicht aus.

Aus diesen Gründen liegen bei mir wechselwirkende Bauteile, die ganz odere teilweise übereinander liegen, niemals auf dem selben Teilbild.

Gruss Thomas

P.S.: in Ausnahmefällen, wenn die Darstellung der Verschneidungslinien keine Rolle spielt, besteht noch die Möglichkeit, in den Eigenschaften der Bauteile die Wechselwirkungen auf "keine" zu ändern. Das muss man dann bei allen gewünschten Bauteilen machen, aber Vorsicht: Fundamente haben zwar i.d.R. keine Türen und Fenster, aber u.U. Aussparungen. Die sind dann weg bzw. werden nicht mehr dargestellt.

P.S.2: noch was zur Profilwand:
würde ich für L- oder T-förmige Fertigteile, etwa Stützwände, verwenden;
bei "Wand auf Fundament", wie bei Dir, könnte man die beiden nicht mehr getrennt auswerten.