Ciao!
Dovresti riuscire manualmente a integrare i quadri in una struttura opera definita. Il problema puoi avercelo in base a come hai impostato i livelli nei singoli quadri, che con la struttura opera saresti costretto per certi versi ad individuare a seconda dei "piani" di progetto.
Ti consiglio inoltre di tener conto che per esportazioni IFC si possono usare solo alcune tipologie di gruppi in cui questa può essere suddivisa. Ti allego un paio di screenshot dove puoi vedere come impostare a priori le restrizioni che Allplan propone per quanto riguarda IFC.
Se sono stato poco chiaro o hai qualche altro problema chiedi pure.