Ich vermute mal, es handelt sich um BRep-Körper mit 3D-Kurven (z.B. BSplines oder Kreisbögen) als Kanten.

Vor der Schnittberechnung tesseliert Allplan diesen BRep-Körper, und macht daraus einen trianguliertes Polyhedron.
Die Randkurven werden dabei zu Polylinien "polygonisiert", und es entsteht immer in Segment-Mitte eine Abweichung
von der originalen 3D-Kurve. Diese Abweichung wird größer, je größer der Radius / je kleiner die Krümmung ist.

Man sieht das Phänomen sehr gut, wenn man von diesem Körper mal einen Ansicht erzeugt:
Die Ränder / Konturen sind dort Polylinien mit vielen kurzen Segmenten, statt "runder" Kurven!

Idealerweise müßte Allplan den BRep-Körper direkt schneiden, und erhielte dann wieder 2D-Kurven.
Ich bin mir ziemlich sicher, dass der "Million-Dollar"-Parasolid-Kern, der in Allplan den BRep erzeugt, auch
einen Schnitt mit echten Kurven als Ergebnis liefern kann.

Wenn Du den Körper mit einer Ebene "teilst", dann werden die 3D-Kurven an dieser Stelle getrennt.
Das macht der Parasolid-Kern. Die entstehenden BReps sind dann wenigstens an dieser "Trennstelle" genau.

@Allplan:
Was dafür in Allplan fehlt, ist eine BSpline2D-Kurve, die diese Kontur-Kurven im Schnitt/in der Ansicht darstellen kann.
Für 3D gibt es die BSpline3D, warum also nicht eine BSpline in 2D?