Se ho capito bene il quesito, la risposta è: non puoi eliminarlo, ma solo decidere a quale quota deve trovarsi!
Ma forse ho capito male: i livelli del tetto sono sempre due (uno superiore e uno inferiore) e costituiscono i livelli a cui puoi agganciare la soletta del pavimento (livello basso) e la soletta del tetto (livello alto), ma dipende come sei abituato a lavorare con i livelli (può darsi che altri lo usino solo per la copertura).

ciao,
se trasformi il livello tetti in costruzione ausiliaria sarà "invisibile"

Potresti organizzare il tuo lavoro in layer, in questo modo se posizioni i livelli tetto sul layer, ad esempio 'livelli', terminate le procedure per definire la copertura o altri volumi architettonici, spegni il relativo layer e ti trovi il disegno senza quelle entità che definisci 'antiestetiche'. In ogni modo, quando capirai le reali potenzialità dei livelli, ti renderai conto che non sono per nulla inutili. Infine se vai in < opzioni > e poi scegli dal menù a sinistra < livelli >, avrai la possibilità di impostare alcune proprietà fra le quali se in fase di plottaggio desideri che i livelli siano stampati o meno.